Pendant des siècles, l’emposieu du Col-des-Roches fut seulement considéré comme l’unique exutoire de la rivière – Le Bied – drainant toutes les eaux superficielles de la vallée du Locle. Le besoin croissant d’énergie encouragea les meuniers à exploiter la force motrice du cours d’eau dans la grotte. Pour ce faire, ils durent vaincre d’énormes difficultés techniques. Remarquable témoignage de l’activité de l’homme, de sa volonté de maîtriser la nature, ce site retrace tout un pan de l’histoire industrielle et humaine.

C'est le besoin croissant en énergie qui poussa les meuniers à exploiter la force motrice du Bied dans la caverne. Le hameau du Col-des-Roches ne s'est développé qu'après l'établissement du moulin.

Au milieu du XVIe siècle, deux frères de la région obtiennent la permission de construire un moulin au Col-des-Roches, ainsi que le droit d’utiliser le cours d’eau. Edifié à l’entrée de la grotte, leur ouvrage est vraisemblablement précaire et ne dure que peu de temps. Près d’un siècle plus tard, deux autres Loclois reçoivent l’autorisation de construire un moulin à deux rouages, qu’ils placeront sans doute dans la grotte, afin de profiter au maximum de l’énergie hydraulique. En 1660, Jonas Sandoz, Receveur des Montagnes neuchâteloises de la seigneurie de Valangin, reprend les concessions précédentes et est autorisé à poser six rouages. Au prix de grands travaux (assemblage de vannes, transformations intérieures, aménagements de puits supplémentaires), il fait de la grotte une véritable usine souterraine. Les puits, naturels et artificiels, sont reliés entre eux par des aqueducs, des galeries de contrôle et des escaliers.
Après la faillite de Jonas Sandoz, en 1691, se succèdent plusieurs propriétaires, amenant au fil du temps diverses améliorations techniques.

C’est sous l’égide d’un boulanger Loclois, d’origine allemande, que les moulins connaissent les perfectionnements de l’ère industrielle. Vers 1850, Jean-Georges Eberlé installe dans la grotte une turbine, dont l’énergie est transmise à la meunerie sur quatre étages, qu’il a fait aménager dans un nouveau bâtiment. Une ancienne roue hydraulique actionne, par le biais d’un arbre de transmission de cinquante mètres, une scierie récemment transférée au niveau du sol.

En 1884, la Municipalité du Locle devient propriétaire du site. Elle convoite surtout la concession sur le cours d’eau, qui lui permettra de le modifier pour éviter les inondations.
Après une période d’incertitude, les moulins sont transformés en abattoir-frontière. Instaurés par le Département fédéral de l’agriculture, afin de lutter contre les maladies du bétail, ces établissements ont essentiellement deux fonctions : abattre rapidement les animaux importés ou contrôler leur état de santé avant de les expédier à une autre destination. Au début du XXe siècle, l’abattoir-frontière du Col-des-Roches connaît une période de succès. De nombreux bâtiments, encore visibles aujourd’hui, sont alors construits.
L’abattoir ferme ses portes en 1966. Dès 1973, un groupe d’amateurs d’histoire et de spéléologie entreprend la restauration partielle des moulins. Grâce à leur activité, il est désormais possible de visiter ce site étonnant où l’activité humaine a su aménager et maîtriser la nature.
Une exposition évoquant les différents aspects du site sera inaugurée dès le milieu de cette année (2001).